То что тут написано актуально для XenServer 5.x

На новых Xenserver сделана специальная кнопочка Reclaim freed space. Она доступна в меню Storage. Выбираем Storage Repository, идем в меню Storage и кликаем Reclaim freed space. За процессом можно следить в Notifications → Events.

Процедура reclaim применима только к Storage Repository, размещенным на LVM и позволяет вернуть в работу дисковое пространство, которое занято уже не нужными (удаленными) в данный момент снапшотами или другими thin-provisioned образами дисков. В том числе “потерянными”, которые отсутствуют в базе данных XenServer, но присутствуют как logical volumes на LVM и, соответственно, занимают место.
Итак. Чтобы отсвободить место из-под ненужных vdi, сведения о которых есть в базе Xenserver.
Получаем список uuid дисков, хранящихся на Storage Repository:

xe vdi-list name-label="base copy" sr-name-label="My_SR_name" params=uuids

Удаляем их из базы Xenserver

xe vdi-forget uuid=<uuid1 in the list> ->ok\\

Ищем logical volumes, в которых хранятся уже не нужные диски и удаляем их:

lvdisplay | grep <uuid1 in the list>
lvremove <whole VHD name >

Затем сканируем Storage Repository, чтобы обновить сведения о занятом месте.

xe sr-scan uuid=<uuid of My_SR_name>