Первый - из /etc/init.d/. Установка запуска с помощью update-rc.d. Запускается при старте системы, независимо от того вошел ли кто-то в систему или нет. Не подходит для задач, которым нужны ИКСЫ.

Запуск при входе пользователя через ssh или запуска терминала - файл ~/.bashrc . Другой способ - создать файл ~/.ssh/config и добавить опцию LocalCommand (и PermitLocalCommand). see man ssh_config.

В ubuntu 12.04 в dash надо набрать startup applications. Дальше все просто.

Автозапуск приложений после входа запуска X описывается в файлах .desktop, лежащих в ~/.config/autostart. Они выполняются после входа пользователя.
Файлы .desktop для установленых приложений можно найти в папке /usr/share/applications.
Имеют примерно такое содержимое (только < и > надо убрать):

[Desktop Entry]
Type=Application
Name=<Name of application as displayed>
Exec=<command to execute>
Icon=<full path to icon>
Comment=<optinal comments>
X-GNOME-Autostart-enabled=true