Существуют два варианта конвертирования абсолютных симлинков в относительные. Первый - с помощью readlink (если он есть):

cd /mnt/hdd/Downloads/FreeBSD-11.0-RELEASE-amd64-disc1_/ && find . -lname '/*' | while read l ; do   echo ln -sf $(echo $(echo $l | sed 's|/[^/]*|/..|g')$(readlink $l) | sed 's/.....//') $l; done | sh

Второй - с помощью symlinks:

sudo apt-get install symlinks
cd /mnt/hdd/Downloads/FreeBSD-11.0-RELEASE-amd64-disc1_/
symlinks -cr .