В документации по KDE 5 - https://docs.kde.org/trunk5/en/kde-workspace/kcontrol/autostart/ сказано, что для автостарта используются папки:
$HOME/.config/autostart/ $HOME/.config/plasma-workspace/env $HOME/.config/plasma-workspace/shutdown $HOME/.config/autostart-scripts/
При старте сессии KDE 4 просматривает содержимое следующих папок на наличие файлов .desktop.
~/.kde/Autostart - Эту диреторию заполянет файликами пользователь. /etc/skel/ не работает. ~/.kde/share/autostart ~/.config/autostart ~/.local/share/autostart /etc/xdg/autostart /usr/share/autostart**
Для того чтобы включить или отключить автозапуск приложения не нужно удалять файлики .desktop. Для отключения автозапуска достаточно просто добавить в файл строку:
Hidden=true
Файлы, расположенные в домашней директории пользователя (~/.kde/share/autostart и др.)имеют более высокий приоритет, по сравнению с файлами из директории /usr.