Система - Ubuntu Server 16.04 + KDE-desktop установленный из backports.
При входе пользователя не копируется шаблон профиля из /etc/skel, хотя директория в /home создается и директории, которые описаны в /etc/xdg/user-dirs.defaults создаются.

Вот тут немецкие друзья предлагают решение: https://forum.ubuntuusers.de/topic/sssd-nutzer-erhalten-keine-dateien-aus-etc-ske/
В двух словах - модули pam_kwallet и pam_mkhomedir не работают нормально вместе. Поэтому в файлике /etc/pam.d/sddm закомментировать строки с pam_kwallet.
В результате, при первом логине пользователя в KDE с помощью SDDM, в его профиль нормально копируются файлики из /etc/skel.

При логине профиль создается, но файлы из директории /etc/skel не копируются, хотя директории, которые описаны в /etc/xdg/user-dirs.defaults создаются.
Оказалось - проблема в порядке следования pam-модулей.
Из директории /etc/skel файлы копирует модуль pam_mkhomedir. Для начала - найдем в каком файлике он вызывается.

grep pam_mkhomedir /etc/pam.d/ -irl

У меня это файл /etc/pam.d/common-session. В нем строка:

session optional pam_mkhomedir.so

идет ПОСЛЕ строки:

session optional pam_mount.so

Я предположил, что модуль pam_mkhomedir не отрабатывает корректно, поскольку на момент его запуска директория пользователя уже должна существовать (чтобы отработал модуль pam_mount.so).
То есть - чтобы исправить ситуацию нужно переставить строки, чтобы pam_mkhomedir.so запускался ПЕРЕД pam_mount.so.
В итоге - строки я переставил и всё заработало.