В RPM-based системах восстановить дефолтные разрешения на файлы установленных пакетов просто. Для этого есть специальные ключи для rpm:

rpm --setugids -a
rpm --setperms -a 

В Debian-based системах восстановить дефолтные (как после установки) разршения на файлы пакетов можно с помощью утилиты debsums, которая проверяет контрольные суммы файлов и сравнивает с теми, что в пакетах. В том числе и для конфигурационных файлов.

sudo apt-get install debsums

И дальше проверяем и переустанввливаем то что повреждено:

apt-get install --reinstall $(dpkg -S $(debsums -c) | cut -d : -f 1 | sort -u)

Или только для заданного пути (например /usr):

apt-get install --reinstall $(dpkg -S $(debsums -c | grep -e ^/usr ) | cut -d : -f 1 | sort -u)

Или для группы директорий:

apt-get install --reinstall $(dpkg -S $(debsums -c | grep -e ^/etc -e ^/sbin -e ^/var  ) | cut -d : -f 1 | sort -u)