На Ubuntu 16.04 периодически отключаются клавиатура и мышь. Но при этом, комп нормально реагирует на кнопку выключения.

Причина, судя по всему, в том, что USB переходит в режим энергосбережения.

Чтобы временно (до перезагрузки) отключить энергосбережение USB выполняем:

sudo sh -c "echo -1 > /sys/module/usbcore/parameters/autosuspend"

Чтобы раз и навсегда выключить энергосбережение USB нужно добавить параметрам запуска ядра такое:

usbcore.autosuspend=-1

Для этого - редактируем файлик /etc/default/grub, редактируем параметры запуска ядра в переменной GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT, выполняем

sudo update-grub

И перезагружаемся.

magicmouse 0005:05AC:030D.0036: unknown main item tag 0x0