Система - Ubuntu Server 16.04 + KDE-desktop установленный из backports.
При входе пользователя не копируется шаблон профиля из /etc/skel, хотя директория в /home создается и директории, которые описаны в /etc/xdg/user-dirs.defaults создаются.

Вот тут немецкие друзья предлагают решение: https://forum.ubuntuusers.de/topic/sssd-nutzer-erhalten-keine-dateien-aus-etc-ske/
В двух словах - модули pam_kwallet и pam_mkhomedir не работают нормально вместе. Поэтому в файлике /etc/pam.d/sddm закомментировать строки с pam_kwallet.
В результате, при первом логине пользователя в KDE с помощью SDDM, в его профиль нормально копируются файлики из /etc/skel.