Делаем как написано тут:
http://wiki.autosys.tk/Linux%20FAQ.Ubuntu-nginx-Joomla-LEMP.ashx
Скачиваем и распаковываем в /var/www сам Pydio:

wget http://downloads.sourceforge.net/project/ajaxplorer/pydio/stable-channel/6.0.2/pydio-core-6.0.2.zip

Потом надо поставить и включить php5-ldap, php-gd и mcrypt:

sudo apt-get install php5-mcrypt php5-ldap
sudo php5enmod mcrypt
sudo php5enmod php5-ldap
sudo service php5-fpm restart
sudo service nginx restart

Отключить доступ к /data/. Для этого в конфигурацию сайта nginx добавляем:

      location  /data/ {
        deny all;
        return 404;
        }

Дальше нужно сделать базу на MySQL:

mysql -u root -p

# Create the database
CREATE DATABASE pydio ;
# Create the user
CREATE USER 'pydio'@'localhost' IDENTIFIED BY 'password';
# Assign rights
GRANT ALL PRIVILEGES ON pydio.* TO 'pydio'@'localhost';

В процессе установки система предложит внести изменения в конфигурацию apache. Но у нас nginx. Поэтому надо сконвертировать конфигурацию. Для конвертирования применим http://winginx.com/ru/htaccess. Из этого:

<IfModule mod_rewrite.c>
# You must set the correct values here if you want
# to enable webDAV sharing. The values assume that your 
# Pydio installation is at http://yourdomain/
# and that you want the webDAV shares to be accessible via 
# http://yourdomain/shares/repository_id/
RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^shares ./dav.php [L]
RewriteRule ^api ./rest.php [L]
RewriteRule ^user ./index.php?get_action=user_access_point [L]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/index
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/plugins
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/dashboard|^/welcome|^/settings|^/ws-
RewriteRule (.*) index.php [L]

#Following lines seem to be necessary if PHP is working
#with apache as CGI or FCGI. Just remove the #
#See http://doc.tiki.org/WebDAV#Note_about_Apache_with_PHP_as_fcgi_or_cgi

#RewriteCond %{HTTP:Authorization} ^(.*)
#RewriteRule ^(.*) - [E=HTTP_AUTHORIZATION:%1]
</IfModule>

AddType application/json .json

Получится это:

# nginx configuration 
location ~ /index { } 

location ~ /plugins { } 

location / { 
if (!-e $request_filename) { 
   rewrite ^/shares /dav.php break; 
   } 
rewrite ^/dashboard|^/welcome|^/settings|^/ws- /index.php break; 
} 

location /ap {
   rewrite ^/api /rest.php break; 
   } 

location /use {
   rewrite ^/user /index.php?get_action=user_access_point break;
   }

Установка

Привязка к AD