В документации по KDE 5 - https://docs.kde.org/trunk5/en/kde-workspace/kcontrol/autostart/ сказано, что для автостарта используются папки:

$HOME/.config/autostart/
$HOME/.config/plasma-workspace/env
$HOME/.config/plasma-workspace/shutdown
$HOME/.config/autostart-scripts/

При старте сессии KDE 4 просматривает содержимое следующих папок на наличие файлов .desktop.

~/.kde/Autostart - Эту диреторию заполянет файликами пользователь. /etc/skel/ не работает.
~/.kde/share/autostart
~/.config/autostart
~/.local/share/autostart
/etc/xdg/autostart
/usr/share/autostart**

Для того чтобы включить или отключить автозапуск приложения не нужно удалять файлики .desktop. Для отключения автозапуска достаточно просто добавить в файл строку:

Hidden=true

Файлы, расположенные в домашней директории пользователя (~/.kde/share/autostart и др.)имеют более высокий приоритет, по сравнению с файлами из директории /usr.