Для того чтобы перенести принтеры с одного принтсервера на другой нужно:
Экспортировать принтеры с исходного принтсервера с помощью printbrm.exe.
Установить на новом принтсервере драйвера принтеров x64, аналогичные тем что стояли на старом принтсервере.
Импортировать принтеры на новый сервер с помощью printbrm.exe..

Если принтсервер Windows 2012R2 не видит принтеры, импортированные с помощью printbrm.exe,то на сервере нужно найти и удалить обновления: KB2995388, KB3034348, KB3139649.

При переносе принтеров со старого сервера с Cortado ThinPrint на новый Windows 2012 R2 после импорта принтеров вместе с ними импортировался и старый драйвер ThinPrint.

Для того чтобы обновить версию драйвера мне понадобилось вычистить старую версию из реестра. Для этого идем в ветку HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Print\Environments и находим там раздел посвященный старой версии драйвера. Удаляем все эти разделы.

После этого нужно установить/переустановить новую версию драйвера. В моем случае - переустановить ThinPrint Engine и перезагрузить сервер.

В результате принтеры должны подцепить новую версию драйвера.